對于運行中的潔凈室，末端高效過濾器的價值并不高，全部加起來可能還不到用戶幾個小時的產值，但更換末端高效過濾器的風險和間接費用會很高。更換過濾器時要停產，停產損失只有業主自己能算出來，這筆損失肯定比過濾器的備件費用高。更換高效過濾器是十分仔細的操作，潔凈室內的任何東西都可能價值昂貴，破壞一個部件其損失可能高于全部過濾器的費用。更換過濾器后要由專業人員進行檢測，有時還要對空調系統進行調試，還要經過一段時間的試運行。檢測、調試、試運行，三項費用加到一起，可能會與過濾器價格不相上下。聰明的業主總是希望盡可能地延長高效過濾器的使用壽命，不是為了省過濾器那幾個錢，他們是想避免因更換過濾器而產生的一堆麻煩。
要延長高效過濾器的使用壽命，最根本的辦法是將灰塵擋在預過濾器。更換預過濾器一般無須停產，無須調試，所以有經驗的業主會把注意力和金錢花在預過濾器及保護級中級過濾器上。對于10K級和100K級潔凈廠房，預過濾選用G4、中級可選用F8過濾器（比色法95%），這樣，末端高效過濾器的使用壽命一般可達1-2年。在國外項目中和國內新建項目中，F8過濾器是非均勻流潔凈室最常見的預過濾器。
有些場合，對高效過濾器使用壽命的規定不是出于對阻力的考慮，而是其它因素。若廠房中有氫氟酸，而車間空調又不是全新風系統，高效過濾器中的玻璃纖維濾紙會受到回風的腐蝕，為了安全，必須定期更換高效過濾器。有些大的制藥廠，每年雨季過后要更換高效過濾器，為的是防止過濾器上任何可能的霉菌污染。有些生物實驗室和與危險品打交道的實驗室，在開展一項新的重要課題前，為了可靠會要求使用新的高效過濾器。
初效過濾器一般2-3個月更換一次，中效過濾器每半年更換一次，這樣高效過濾器的壽命一般能在1年以上；
但為保護后級高級別過濾器使用及保障潔凈室安全運行，許多聰明的業主每月更換初效，每3個月更換中效及亞高效（或者前面所述風柜內末段選用高效做保護過濾器），這樣可以保證高效過濾器3年以上的使用壽命，而且因為更換后的新過濾器阻力小，空調負荷大大減少，而過濾器更換的費用遠小于空調運行所需的電費，頻繁更換前級預過濾器實際上是使空調在低阻力負荷下運行，節省了大量電費。